Auf Grundlage einer Empfehlung aus der Evaluation im Jahr 2012 wurden im Jahr 2015 Unabhängige Arbeitsgruppen als zusätzliches Strukturelement ins Leben gerufen. Die Arbeitsgruppen wurden schrittweise eingerichtet, um jungen, leistungsstarken Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern eine Möglichkeit zu bieten, ihre berufliche Karriere zu fördern. Diese Arbeitsgruppen sollen den Nachwuchswissenschaftlerinnen und Nachwuchswissenschaftlern Raum und Möglichkeit bieten, um außerhalb der Abteilungen eigenständig zu arbeiten, neue wissenschaftliche Felder zu erforschen und Themen zu entwickeln, die später für die Forschungsagenda des Instituts relevant werden könnten.

Unabhängige Arbeitsgruppen werden entweder durch Drittmitteleinwerbungen und Stipendien oder durch den Kernhaushalt des Instituts finanziert. Im Falle einer Drittmittelfinanzierung ist die Laufzeit einer unabhängigen Arbeitsgruppe auf die Dauer dieser begrenzt. IPK-intern geförderte Arbeitsgruppen werden in der Regel für zwei mal drei Jahre unterstützt. Die Verlängerung nach der ersten Laufzeit ist abhängig von der positiven Evaluierung durch den Wissenschaftlichen Beirat.

Einmal im Jahr berichten die Unabhängigen Arbeitsgruppen im Rahmen der Direktoriumssitzung, um den wissenschaftlichen Fortschritt festzuhalten und den möglichen Bedarf an Unterstützung aufzuzeigen. Zur Unterstützung der Kommunikation und zur Hilfestellung auf der operativen Ebene haben die einzelnen Arbeitsgruppen eine Abteilung ausgewählt, der sie verwaltungstechnisch zugeordnet sind. Derzeit sind vier unabhängige Forschungsgruppen am Institut tätig. Eine weitere Gruppe soll in diesem Jahr eingerichtet werden. 

Zur Zeit gibt es zwei unabhängige Arbeitsgruppen: Meiose (ME) und Funktionelle Pflanzenstrukturen (FPS).