Die Sammlungen der Bundeszentralen Ex-situ-Genbank sind auf drei Standorte verteilt. Am Hauptstandort in Gatersleben (Sachsen-Anhalt) erfolgt die Erhaltung von 128.000 Akzessionen verschiedenster Kulturpflanzenarten, darunter 66.000 Getreide-, knapp 28.000 Leguminosen- sowie 20.000 Gemüseakzessionen.

Weitere Teilsammlungen befinden sich an zwei Standorten im Bundesland Mecklenburg-Vorpommern. In Groß Lüsewitz ist die über 6.000 Akzessionen umfassende Kartoffelkollektion beheimatet. In Malchow auf der Ostseeinsel Poel befindet sich das über 14.000 Akzessionen umfassende Sortiment an Öl- und Futterpflanzen.

Die kartoffelgenetischen Ressourcen waren ursprünglich Bestandteil des 1949 gegründeten Institutes für Kartoffelforschung der Akademie der Landwirtschaftswissenschaften der DDR (ADL) in Groß Lüsewitz. In ähnlicher Weise befand sich die Sammlung in Malchow ursprünglich in der Zuständigkeit des ehemaligen ADL-Instituts für Öl- und Futterpflanzenzüchtung. Beide Sammlungen wurden nach der Wende mit den Gaterslebener Sortimenten zur Bundeszentralen Ex-Situ-Genbank des IPK zusammengeführt.