Die Bundeszentrale Ex-situ-Genbank zählt sowohl aufgrund ihrer botanischen Vielfalt als auch aufgrund des Sammlungsumfangs zu den weltweit größten Sammlungen. Der Bestand umfasst 151.348 Akzessionen aus 92 Pflanzenfamilien mit 758 Gattungen und 2.912 Arten.

Der größte Teil der Sammlung lagert am Standort Gatersleben (Sachsen-Anhalt) in Form von Saatgut in speziellen Kühlräumen bei minus 18 Grad. Damit bleibt die Keimfähigkeit über mehrere Jahrzehnte erhalten. Material, das nicht für die Saatgutlagerung geeignet ist, wird als Dauerkultur im Feld, durch in vitro-Kultur oder kryokonserviert erhalten. Weitere Teilsammlungen werden in Mecklenburg-Vorpommern an den Standorten Groß Lüsewitz und Malchow erhalten.

Neben den Lebendsammlungen verfügt die Genbank über ein Herbarium mit 446.656 Belegen, 109.387 Referenzmuster von Samen und Früchten sowie 56.609 Getreideähren.

Seit 1948 wurden mehr als 1,1 Millionen Muster an Nutzerinnen und Nutzer im In- und Ausland abgegeben. Saatgut und Pflanzenmaterial wird gegen eine Nutzergebühr unter den Bedingungen der Standard Material Transfervereinbarung des Internationale Saatgutvertrags bereitgestellt.

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