Das IPK Leibniz-Institut verfügt am Standort Gatersleben über 30 Gewächshäuser mit 83 separat klimatisierbaren Kabinen und einer Hauptnutzfläche von mehr als 5.300 Quadratmetern (m²). Die Häuser verfügen über eine hochwertige, multivalente Ausstattung. Dazu gehören unter anderem Zusatzlichtanlagen (teilweise mit LED-Technik), automatische Bewässerungssysteme, CO₂-Begasungsanlagen, technische Kühlungssystemen, Luftbefeuchtungsanlagen und Verdunklungsanlagen. Die vielfältige Ausstattung gestattet die Bearbeitung unterschiedlichster Versuchsfragen und ermöglicht die Reproduktion des breiten Artenspektrums pflanzengenetischer Ressourcen.

In zwei Gewächshäusern sind darüber hinaus sogenannte „Phänotypisierungs-Plattformen“ installiert, die eine weitgehend automatische Durchführung von Exaktversuchen und die Erfassung phänotypischer Daten an Ganzpflanzen, inklusive des Wurzelsystems, ermöglichen.

Daneben stehen insgesamt 203 Kleingewächshäuser mit einer Gesamtfläche von mehr als 3.400 m² zur Verfügung. Die Häuser werden insbesondere zur isolierten Vermehrung von fremdbefruchtenden Genbankakzessionen genutzt. Zu diesem Zweck werden bestäubende Insekten (meist Wildbienen) in die Häuser eingesetzt.

Vier Folientunnel mit einer Gesamtfläche von 960 m² ermöglichen den geschützten Anbau insbesondere von wärmeliebenden Genbankkulturen während der Vegetationsperiode.

Ein sogenannter RainOutShelter mit einer Größe von 600 m² dient der Durchführung von Trockenstressversuchen unter Freilandbedingungen. Bei einsetzendem Regen fährt das Gewächshaus automatisch über die Versuchsfläche.

Die Gewächshausanlagen werden ergänzt durch Frühbeetflächen im Umfang von 1.460 m². Die Beete sind zur Verhinderung vor Schäden durch Vogelfraß überwiegend mit einer  Netzkonstruktion geschützt. Einzelne Beete sind überdacht oder können mit Fenstern abgedeckt werden.