Die Organe der Stiftung sind laut Satzung der Stiftungsrat, das Direktorium, die Geschäftsführung und der Wissenschaftliche Beirat.

Der Stiftungsrat überwacht die Geschäftsführung der Stiftung. Er überprüft die Wirtschaftsführung und genehmigt die Jahresrechnung; für das abgelaufene Haushaltsjahr erteilt er Entlastung.

Das Direktorium besteht aus den Leiterinnen bzw. Leitern der wissenschaftlichen Abteilungen und der administrativen Leiterin bzw. dem administrativen Leiter der Stiftung.

Die geschäftsführende Direktorin bzw. der geschäftsführende Direktor und die administrative Leiterin bzw. der administrative Leiter des IPK bilden als Teil des Direktoriums die Geschäftsführung. Sie vertreten die Stiftung gerichtlich und außergerichtlich. Die geschäftsführende Direktorin bzw. der geschäftsführende Direktor repräsentiert die Stiftung nach außen, führt den Vorsitz im Direktorium und die laufenden Geschäfte im wissenschaftlichen Bereich. Die administrative Leiterin bzw. der administrative Leiter führt die laufenden Geschäfte der Verwaltung. Sie bzw. er ist Beauftragter für den Haushalt.

Der Wissenschaftliche Beirat berät den Stiftungsrat und das Direktorium in wissenschaftlichen und technischen Fragen.

Die Geschäftsstelle des Direktoriums unterstützt als Stab das Direktorium des IPK Gatersleben bei der Erfüllung seiner Führungsaufgaben.