Der Stiftungsrat überwacht die Geschäftsführung. Er überprüft die Wirtschaftsführung und genehmigt die Jahresrechnung; für das abgelaufene Haushaltsjahr erteilt er Entlastung.

Dem Stiftungsrat gehören an: Vertreter des Landes Sachsen-Anhalt und des Bundes, Vertreter des wissenschaftlichen Lebens, darunter möglichst die Rektorin bzw. der Rektor einer benachbarten Hochschule.

Die detaillierten Aufgaben des Stiftungsrates finden sich in §8 der Satzung des Instituts.

Aktuelle Mitglieder des Stiftungsrates sind:

• Dr. Michael Lehmann, Ministerium für Wissenschaft, Energie, Klimaschutz und Umwelt des Landes Sachsen-Anhalt (Vorsitzender) 
• Dr. Christina de Wit, Bundesministerium für Forschung und Bildung (Stell. Vorsitzende)
• Ulrike Ehlers, Ministerium für Wissenschaft, Energie, Klimaschutz und Umwelt des Landes Sachsen-Anhalt
• RegDir Stefan Hüsch, Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft
• Prof. Dr. Klaus Pillen, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg
• Prof. Dr. Christian Jung, Christian-Albrechts-Universität zu Kiel

Gast im Stiftungsrat ist:

• Prof. Dr. Andreas Weber, Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf