Das Direktorium ist ein Kollegialorgan. Ihm gehören laut Satzung die Leiter der wissenschaftlichen Abteilungen und der Administrative Leiter an. Einer der wissenschaftlichen Abteilungsleiter wird in der Regel vom Stiftungsrat für drei Jahre zum Geschäftsführenden Direktor bestellt. Eine Wiederberufung in unmittelbarer Folge ist möglich.
Prof. Dr. Nicolaus von Wirén
Geschäftsführender Direktor und Leiter der Abteilung Physiologie und Zellbiologie
Dr. Ingmar Schmidt
Administrativer Leiter und Leiter der Abteilung Verwaltung und Zentrale Dienste
Prof. Dr. Nils Stein
Leiter der Abteilung Genbank
Prof. Dr. Jochen Reif
Leiter der Abteilung Züchtungsforschung
Prof. Dr. Thomas Altmann
Leiter der Abteilung Molekulare Genetik